一共有54所高校开设有基础医学专业。这一专业主要是培养从事科研工作的医护人员，就业面向高等医学院校和医学科研机构部门，主要负责医学各学科的教学、医学科学研究、理论与临床结合实验等研究工作。由于专业对学生要求比较高，导致报考该专业的人数不断减少，开设此专业的学校也越来越少。
开设基础医学专业的高校具体如下表所示：
| 序号 | 院校名称 |
| 1 | 北京大学 |
| 2 | 兰州大学 |
| 3 | 中山大学 |
| 4 | 四川大学 |
| 5 | 郑州大学 |
| 6 | 江苏大学 |
| 7 | 同济大学 |
| 8 | 南开大学 |
| 9 | 厦门大学 |
| 10 | 南华大学 |
| 11 | 汕头大学 |
| 12 | 复旦大学 |
| 13 | 武汉大学 |
| 14 | 南昌大学 |
| 15 | 中南大学 |
| 16 | 浙江大学 |
| 17 | 苏州大学 |
| 18 | 山东大学 |
| 19 | 吉林大学 |
| 20 | 南通大学 |
| 21 | 暨南大学 |
| 22 | 青岛大学 |
| 23 | 北京协和医学部 |
| 24 | 中国医科大学 |
| 25 | 南京医科大学 |
| 26 | 首都医科大学 |
| 27 | 天津医科大学 |
| 28 | 大连医科大学 |
| 29 | 重庆医科大学 |
| 30 | 新疆医科大学 |
| 31 | 温州医科大学 |
| 32 | 宁夏医科大学 |
| 33 | 安徽医科大学 |
| 34 | 贵州医科大学 |
| 35 | 南方医科大学 |
| 36 | 河北医科大学 |
| 37 | 广西医科大学 |
| 38 | 广州医科大学 |
| 39 | 山西医科大学 |
| 40 | 昆明医科大学 |
| 41 | 徐州医科大学 |
| 42 | 哈尔滨医科大学 |
| 43 | 蚌埠医学院 |
| 44 | 桂林医学院 |
| 45 | 新乡医学院 |
| 46 | 第二军医大学 |
| 47 | 第四军医大学 |
| 48 | 湖南师范大学 |
| 49 | 华东师范大学 |
| 50 | 华中科技大学 |
| 51 | 华北理工大学 |
| 52 | 西安交通大学 |
| 53 | 上海交通大学 |
| 54 | 石河子大学 |